Y染色体单核苷酸多态性（Y-SNP）突变位点具有多种重要性：

1. Y-SNP具有突变率低、强群体特异性与适合对降解DNA检材检验的特性，在个人识别、亲权鉴定、系谱分析、Y染色体数据库构建等方面具有重要意义。

2. Y-SNP的强地域特异性使得测定不同地域人群的Y染色体单倍群类型成为可能，从而可以推断人群进化、迁徙及相关历史活动，有效地评估群体的遗传结构。

3. 通过研究Y-SNP，可以追溯父系遗传谱系，了解祖先的来源和迁移路线，对于研究人类的起源、演化和迁移历史具有重要意义。

4. Y-SNP还可以应用于疾病研究中，一些疾病可能与特定的Y染色体单倍群相关联，通过研究Y-SNP可以帮助了解疾病的遗传基础和易感性。

5. Y-SNP在法医学中也具有重要意义，可以通过分析Y染色体DNA来帮助解决犯罪案件，例如通过父权鉴定确认嫌疑人的身份。

Y-SNP突变位点的研究有助于深入了解人类遗传学和进化生物学，为医学、法医学和其他领域的研究提供重要的支持和参考。